●制限事項
ページ遷移時にページ上部に赤線が走る環境では、ページ種別ごとの表示/非表示の切り替えがうまく機能しません。全ページ種別で統一して表示あるいは非表示を選んで下さい。
なお、Magic Actions for YouTube(http://www.chromeactions.com/)というアドオンを適用すると、ページ上部の赤線走りがなくなるので、本制限もなくなり、全ての設定が正常に機能します。

●色設定について
色を変えたい場合は"色設定"に続く枠部分をクリックして出てくるカラーパレットから選択するか、直接値を入力します。
純赤は＃FF0000、純緑は#00FF00、純青は#0000FFです。直接値を入力する場合、8文字以上の入力が出来ないようになってるので、事前に表示されてる文字を消してから入力して下さい。
一旦変更した後で公式の色に戻したくなった場合は #E62117 を直接入力してください。

●分離表示について
線の色をどう選んでみても、サムネイルの色と被って見分けにくくなる事態は起き得ます。それを避けるため、見栄えを捨てて視認性にこだわったのがこの分離表示です。サムネイル下部が若干欠けるデメリットがあります。
分離表示にして色も変える場合は、若干暗めの色の方が見やすいかもしれません。

●ざっくりな設定で十分？
表示/非表示をこんなに細かく指定する必要がなく、線の太さにもこだわりがない場合にはもっと単純なスタイルを別に用意しています。
「YouTube 再生済みの赤線を変更」
(http://freestyler.ws/style/147427/youtube)
本スタイルに比べると上記別スタイルの方が将来的に安定した品質を維持できるはずなので、出来る限りは上記別スタイルを使った方が良いです。それで満足いかない人のみ本スタイルの適用を検討してください。なお、本スタイルと上記別スタイルはどちらか一方のみを適用(あるいは有効に)してください。

●赤線の公式の仕様
下記URLで説明されています。
https://support.google.com/youtube/answer/7174115
英語だとVideo progress bar、日本語では動画の進行状況バーという名前のようですが、あまり浸透しそうにないですね。2016年11月にサービスインしました。