●制限事項
ページ遷移時にページ上部に赤線が走る環境では、サムネイルの赤線を(マイチャンネルなどの)一部ページで非表示にする設定はうまく機能しません。あきらめて全ページで表示あるいは非表示の設定を選ぶか、ページ上部の赤線走りを解除するためにMagic Actions for YouTube(http://www.chromeactions.com/)というアドオンの適用を検討してください。

●色設定について
色を変えたい場合は"色設定"に続く枠部分をクリックして出てくるカラーパレットから選択するか、直接値を入力します。
純赤は＃FF0000、純緑は#00FF00、純青は#0000FFです。直接値を入力する場合、8文字以上の入力が出来ないようになってるので、事前に表示されてる文字を消してから入力して下さい。
一旦変更した後で公式の色に戻したくなった場合は #E62117 を直接入力してください。

●分離表示について
線の色をどう選んでみても、サムネイルの色と被って見分けにくくなる事態は起き得ます。それを避けるため、見栄えを捨てて視認性にこだわったのがこの分離表示です。サムネイル下部が若干欠けるデメリットがあります。
分離表示にして色も変える場合は、若干暗めの色の方が見やすいかもしれません。

●詳細な設定が必要？
表示/非表示をもっと細かく指定したい(例えば検索ページで表示して履歴ページでは表示しないなど)、あるいは、線の太さを指定したい、という人向けに別のスタイルを用意しています。
「YouTube 再生済みの赤線を細かく変更」
(http://freestyler.ws/style/147283/youtube)
ただ、細かく指定することでYouTube公式の変更の影響を受けやすくなり、将来的に表示がおかしくなる可能性も高くなるので、本ページのスタイルで済ませられるならその方が良いです。

●赤線の公式の仕様
下記URLで説明されています。
https://support.google.com/youtube/answer/7174115
英語だとVideo progress bar、日本語では動画の進行状況バーという名前のようですが、あまり浸透しそうにないですね。2016年11月にサービスインしました。